一项纳入六十一名受试者的临床研究显示，持续干预二十四周后，接受菌群移植的受试者体内减脂相关菌群定植完全，血清总胆固醇、低密度脂蛋白指标明显下降，非酒精性脂肪肝严重程度得到缓解，对照组未出现同类代谢改善。另有临床回顾性研究纳入十七名常规治疗效果不佳的二型糖尿病患者，该群体长期联用二甲双胍与胰岛素，血糖控制依旧不达标。完成标准化肠道菌群移植后，整体临床有效率达百分之六十四点七，受试者胰岛素抵抗指数明显降低，胰岛β细胞分泌功能逐步稳定。

肠道菌群移植调节糖脂代谢的核心机制分为三点。第一是调节人体能量吸收效率：肥胖人群普遍存在厚壁菌门菌群占比偏高、拟杆菌门丰度不足的特征，该菌群结构提升肠道对食物热量的吸收效率，多余能量转化为脂肪堆积。菌群移植恢复肠道菌群丰富度，优化能量代谢过程，减少脂肪过度蓄积。第二是降低全身慢性炎症水平：菌群失衡破坏肠道黏膜屏障，致病菌代谢产生的内毒素进入血液循环，诱发持续性低度炎症，阻断胰岛素信号传导通路。移植健康菌群后，肠道屏障完整性恢复，促炎因子下降，胰岛素效率提升。

第三是调控肠道降糖激素分泌：定植后的健康菌群生成短链脂肪酸，刺激肠道L细胞分泌GLP-1，该物质根据血糖浓度调节胰岛素分泌，同时抑制升糖激素释放，平稳空腹及餐后血糖。与降糖药物和胰岛素不同，菌群移植不直接补充外源降糖物质，而是通过修复肠道微生态平衡，同步改善体重、血糖、胰岛素抵抗多项代谢异常。粪菌移植实验表明，来自GLP-1受体激动剂治疗肥胖小鼠的菌群移植可将抗肥胖效应转移给受体，改善胰岛素敏感性，表明微生物群改变具有功能性而非附带性。针对传统降糖方案效果有限的肥胖糖尿病患者，菌群移植已成为打破代谢恶性循环的可靠干预思路。