维持肠道正常功能的前提是肠道菌群的平衡，而抗生素的使用破坏了这一平衡，肠道菌群受到抗生素干扰时，原本健康共生的状态发生改变，使得致病菌的滋生条件改变，从而造成条件致病菌的过度繁殖。抗生素相关性腹泻的重要病因为艰难梭菌感染，其发病机制与肠道菌群紊乱密切相关，肠道中的细菌通过营养物质的竞争以及短链脂肪酸等的作用限制条件致病菌的过度生长，抗生素的应用促使肠道中有益菌减少，导致条件致病菌得以大量繁殖，从而引发肠道功能的紊乱。

肠道菌群紊乱还可通过改变肠道屏障功能进一步加重腹泻。研究证实，肠道菌群失调使得肠道黏膜屏障受损、肠道通透性增加，从而使得内毒素和细菌的跨肠道屏障进入到血液中，形成了恶性循环的损伤模式，该菌群失衡不仅损伤了肠道正常的消化吸收功能，同时可导致患儿易感病原体等。肠道菌群作为宿主发育过程中的重要组成部分，在维持自身免疫系统发育和功能稳态中扮演着关键的角色。同时肠道菌群失调造成的肠道免疫功能减低导致大肠抗感染的能力及对免疫反应的调整功能也会减弱。

正常肠道内的菌群通过短链脂肪酸等代谢产物来影响肠道免疫，与肠道免疫细胞进行信息交流，从而维护大肠的免疫稳定。但是在抗生素治疗条件下，肠道菌群的多样性减少，尤其是肠道内致病菌减少而有益菌如拟杆菌属、厚壁杆菌属的减少都会影响肠道免疫系统的成熟。另外肠道菌群失调还表现为肠内细菌感染导致促炎细菌增多，致使肠道的炎症反应加重。这就会导致由于免疫功能失衡，免疫反应低下而引发变态反应和免疫性疾病的发生。

相关研究表明，长时间应用广谱抗生素会引起心脏手术后患者出现耐药病原菌，同时降低了患者肠道免疫功能，打破了肠道菌群与宿主体之间的平衡状态，肠道菌群失调影响着免疫功能的发育及功能，进一步加重了抗生素相关的腹泻症状，并给临床上治疗带来新的挑战。

出自《抗生素相关性腹泻患儿肠道菌群紊乱与粪菌移植治疗的疗效评估》作者李冰。