培养法通过将粪便样本接种于合适培养基上分离、鉴定粪便中微生物类型，此法操作简单，成本相对较低，但仅能培养出一部分活菌，而绝大多数难以培养，无法克服不可培养菌的障碍，耗时长，结果不能反映肠道菌群的真实组成；分子生物学方法通过PCR-DGGE、测序技术等手段可以更全面、直接地判断肠道菌群的结构和组成，对技术要求相对较高，成本昂贵，操作也比培养法相对繁琐，且需要经过长时间的核酸提取和检测，而PCR技术对样本浓度和拷贝数的要求较高，容易受到其污染影响，并且PCR-DGGE仅能测定目标区域细菌种类丰度的相对变化，难以得到相对数值，无法有效反映出菌群多样性的变化情况。

肠道代谢物谱学指从不同代谢产物中反射肠道菌群状态的一种间接检测方法，是基于生物学样本代谢物的研究方法，是新的研究方法，旨在通过研究菌群的变化分析菌群的功能，仍处在研究探索阶段，研究过程中存在数据解码过程较繁琐和技术标准化等不足之处。作为一种临床上应用广泛的药物，抗生素的选择性抗病原微生物治疗一方面发挥抗病原微生物治疗，另一方面也作用于宿主，改变了肠道菌群。

有研究显示，抗生素种类对改变肠道菌群多样性的程度有一定差别，如第三代或第四代头孢菌素类、克林霉素、碳青霉烯类等大环类广谱抗生素的应用均可抑制有益菌即双歧杆菌、乳酸杆菌，进而导致肠道菌群中有益菌减少、致病菌增多、肠道菌群中优势菌群和功能多样性减弱，并降低了入侵微生物的定殖抵抗力。另一方面，抗生素暴露通常会导致肠道菌群持续性改变，停用抗生素后部分菌群仍需要很长一段时间甚至不能完全恢复到用药前水平。因此，抗生素的滥用或者不适当的使用导致肠黏膜菌群失调、持续改变，给之后腹泻的发生奠定基础。

出自《抗生素相关性腹泻患儿肠道菌群紊乱与粪菌移植治疗的疗效评估》作者李冰。